Il Servizio esercita le funzioni di Organismo pagatore regionale per aiuti comunitari, nazionali e regionali dei fondi FEASR - Fondo europeo agricolo per lo sviluppo rurale , FEAGA - Fondo europeo agricolo di garanzia e FEP - Fondo europeo per la pesca. Cura in particolare:
• il coordinamento del rapporto con i Centri di assistenza agricola;
• il coordinamento dei rapporti con Agea;
• il coordinamento dei rapporti con istituti di credito, enti e altri soggetti convenzionati; rendicontazione finanziaria;
• la predisposizione di atti autorizzativi al pagamento;
• l'audit interno ed esterno richiesto dalle normative in vigore connesse all'Organismo pagatore.