Il P.O.R. ripartisce le risorse finanziarie comunitarie, nazionali e regionali in 7 Assi prioritari che descrivono la strategia perseguita e le priorità di intervento (Asse I - Risorse Naturali, Asse II - Risorse Culturali, Asse III - Risorse Umane, Asse IV - Sistemi Locali di Sviluppo, Asse V - Città, Asse VI - Reti e Nodi di Servizio, oltre all'Asse VII - Assistenza tecnica). Ciascun Asse è articolato in una o più Misure e tipologie di intervento (Azioni) da realizzare.
La prima versione del P.O.R. è stata approvata con Decisione della Commissione Europea C (2000) 2359 dell'8 agosto 2000. A seguito delle indicazioni del Valutatore Indipendente e del confronto con il Partenariato istituzionale, economico e sociale è stata approvata una versione successiva con Decisione della Commissione Europea C (2004) 5191 del 15 dicembre 2004, il cui aggiornamento ha comportato una nuova Decisione della Commissione Europea C (2005) 4820 del 1 dicembre 2005. Un ulteriore aggiornamento del Por è stato approvato con Decisone C (2007) 1991 del 30 aprile 2007.